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9.8分SCI!網(wǎng)絡(luò)毒理學(xué)+分子對(duì)接研究乙酰檸檬酸三丁酯腦損傷 的毒理學(xué)特征及其潛在的分子機(jī)制

更新時(shí)間:2025-07-28 15:52:05       點(diǎn)擊次數(shù):46

本研究以乙酰檸檬酸三丁酯(ATBC 為研究對(duì)象,通過網(wǎng)絡(luò)毒理學(xué)與分子對(duì)接策略探究其誘導(dǎo)腦 毒性的機(jī)制。利用 ChEMBL 、STITCH GeneCards 等數(shù)據(jù)庫(kù)篩選出與ATBC 暴露和腦損傷相關(guān)  213 個(gè)潛在靶點(diǎn),經(jīng) STRING  Cytoscape 分析得到23 個(gè)核心靶點(diǎn)(包括 AKT1 、CASP3、HSP90AA1 );GO  KEGG 分析顯示核心靶點(diǎn)主要富集于癌癥相關(guān)通路、神經(jīng)活性配體 -   體相互作用通路等;分子對(duì)接(Autodock)證實(shí) ATBC 與核心靶點(diǎn)結(jié)合 < 0 ,結(jié)合穩(wěn)定。研究表 明,ATBC 可能通過調(diào)控腦細(xì)胞凋亡增殖、激活炎癥通路、影響神經(jīng)可塑性,增加腦癌風(fēng)險(xiǎn)、引發(fā) 神經(jīng)炎癥,并可能導(dǎo)致認(rèn)知障礙和神經(jīng)退行性疾病,為 ATBC 腦毒性機(jī)制及環(huán)境污染物毒性評(píng)估提 供理論基礎(chǔ)。


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研究背景

乙酰檸檬酸三丁酯(ATBC)是一種由檸檬酸酯化形成的有機(jī)化合物,它是聚氯乙烯(PVC)和其他聚合物材料常用的首選增塑劑。目前,ATBC通常被認(rèn)為是一種安全的增塑劑,只有在 非常高的濃度下才被認(rèn)為有毒。然而,ATBC的遷移率高達(dá)79.8 mg/kg ,約為鄰苯二甲酸酯(PAEs)的10倍,引發(fā)了人們對(duì)其潛在暴露風(fēng)險(xiǎn)的擔(dān)憂。并且ATBC缺乏與塑料中聚合物的化  學(xué)結(jié)合,很容易塑料制品中浸出,然后擴(kuò)散到血液、體液、室內(nèi)空氣、灰塵、環(huán)境土壤和水中。

 

由于ATBC的消耗量不斷增加,其遷移率和可浸出性也很高,因此需要制定一種新的策略來全 面評(píng)估ATBC的健康安全性和風(fēng)險(xiǎn),并深入研究其潛在毒理學(xué)機(jī)制??紤]到暴露于PAEs所產(chǎn)生 的神經(jīng)毒性作用和潛在的病理性腦損傷,可以合理地假設(shè)具有類似化學(xué)結(jié)構(gòu)的ATBC也可能對(duì) 大腦產(chǎn)生不良毒性影響。并且ATBC暴露時(shí)間延長(zhǎng),腦損傷的可能性增加。


研究方法和內(nèi)容

?數(shù)據(jù)來源與工具:

?數(shù)據(jù)庫(kù):ChEMBL、STITCH(獲取 ATBC 靶點(diǎn));GeneCards、OMIM(獲取腦損傷靶點(diǎn));DAVID、FUMA(GO/KEGG 分析)。

?分析工具:STRING(構(gòu)建蛋白 - 蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò),PPI);Cytoscape 3.8.2(篩選核心靶點(diǎn));Autodock(分子對(duì)接)。

?核心靶點(diǎn)篩選標(biāo)準(zhǔn):需同時(shí)滿足:①介數(shù)中心性 > 中位數(shù);②緊密性中心性 > 中位數(shù);③平均最短路徑長(zhǎng)度 > 中位數(shù);④度值 > 2 倍中 位數(shù)。

應(yīng)用網(wǎng)絡(luò)毒理學(xué)和分子對(duì)接分析ATBC對(duì)腦損傷的假定毒性。

揭示ATBC介導(dǎo)的腦損傷的核心靶點(diǎn)和關(guān)鍵通路。

促進(jìn)網(wǎng)絡(luò)毒理學(xué)和分子對(duì)接技術(shù)對(duì)緊急環(huán)境化學(xué)品的毒性和潛在分子機(jī)制進(jìn) 行有效評(píng)估。

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研究結(jié)果

 01   靶點(diǎn)篩選結(jié)果

從 ChEMBL 和 STITCH 篩選出256 個(gè) ATBC 靶點(diǎn),從 GeneCards 和 OMIM 篩選出8841個(gè)腦損傷高相關(guān)靶點(diǎn),經(jīng)整合去重得到213 個(gè)潛在靶點(diǎn)(ATBC 誘導(dǎo)腦毒性的交集靶點(diǎn))。

 

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圖 1  乙酰檸檬酸三丁酯(ATBC)與腦 損傷相關(guān)靶點(diǎn)的維恩圖


02   潛在靶點(diǎn)的互作網(wǎng)絡(luò)及核心靶點(diǎn)的獲取

利用STRING數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建了潛在靶點(diǎn)的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)(PPI),共得到212個(gè) 節(jié)點(diǎn)和569條邊。

通過對(duì)互作網(wǎng)絡(luò)的分析,作者識(shí)別了23個(gè)與ATBC引起腦毒性相關(guān)的核心靶點(diǎn),并對(duì)這些核 心靶點(diǎn)重新構(gòu)建了互作網(wǎng)絡(luò)。其中AKT1 、CASP3和HSP90AA1是top3的靶點(diǎn)

 

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圖 2  潛在靶點(diǎn)的蛋白質(zhì) - 蛋白質(zhì)相互作 用(PPI)網(wǎng)絡(luò)


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 圖 3  核心靶點(diǎn)的蛋白質(zhì) - 蛋白質(zhì)相互作 用(PPI)網(wǎng)絡(luò)


03   潛在靶點(diǎn)功能分析和通路富集分析

 潛在靶點(diǎn)與核心靶點(diǎn)主要富集于癌癥相關(guān)通路、神經(jīng)活性配體 - 受體相互作用通路、鈣信號(hào) 通路、cAMP 信號(hào)通路等,與腦損傷類型一致。

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圖 4. 潛在靶點(diǎn)的 GO 富集分析(前 10 位)


(A) 該柱狀圖展示了 213 個(gè)潛在靶點(diǎn)在基因本體論(GO)的三個(gè)類別(生物過程 BP 、細(xì)胞組分 CC 、分子功能 MF)中,經(jīng)錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率(FDR) 排序后前 10 位的顯著富集條目。FDR 值反映富集的統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性,數(shù)值越小表明顯著性越高;柱形高度對(duì)應(yīng)基因計(jì)數(shù),體現(xiàn)該類別內(nèi)的富集   程度。這些富集條目凸顯了可能受 ATBC 暴露影響的關(guān)鍵生物過程、細(xì)胞組分和分子功能。

(B) 氣泡大小對(duì)應(yīng)特定通路中的基因表達(dá)量,氣泡的顏色飽和度表示富集顯著性。

 

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   5. 潛在靶點(diǎn)的 KEGG 富集分析(前 20 位)


(A) 該氣泡圖以 FDR 值倒序展示了前 20 位顯著富集的 KEGG 信號(hào)通路。每個(gè)氣泡代表一個(gè)特定通路,氣泡面積表示該通路中富集的基因數(shù)量,顏色 深度(紅色越深)表示富集顯著性越高。213 個(gè)交集基因主要參與多種 KEGG 通路,其中神經(jīng)活性配體 - 受體相互作用及相關(guān)信號(hào)通路尤為突出。

(B) 該柱狀圖展示了各通路的富集頻率與顯著性,柱形長(zhǎng)度對(duì)應(yīng)基因計(jì)數(shù)(反映富集分?jǐn)?shù)和顯著性水平),柱形越高表示基因計(jì)數(shù)越多、富集程度越高。 圖中簡(jiǎn)明直觀地呈現(xiàn)了與 ATBC 誘導(dǎo)腦毒性密切相關(guān)的前 20 位富集 KEGG 信號(hào)通路。


04   核心靶點(diǎn)的通路富集分析

 

 利用DAVID和FUMA數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)23個(gè)核心靶點(diǎn)進(jìn)行經(jīng)典通路分析,包括KEGG富集分析和Reactome富集分析。


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  6 . 核心靶點(diǎn) KEGG 富集分析的重疊基因水平梯度柱狀圖(前 20 位)

05   ATBC和腦損傷核心靶蛋白的分子對(duì)接

利用AutoDock軟件對(duì)ATBC和五個(gè)核心靶點(diǎn)(AKT1 ,CASP3 ,HSP90AA1 ,ESR1和MMP9) 的相互作用進(jìn)行了分子對(duì)接分析。5個(gè)對(duì)接結(jié)果均顯示出較低的結(jié)合能,都可以自發(fā)結(jié)合,表  明ATBC與靶點(diǎn)之間具有較強(qiáng)的親和力。

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圖 7. 各靶蛋白與 ATBC 的最低結(jié)合能分子對(duì)接結(jié)果

(A) ATBC 與絲氨酸 / 蘇氨酸激酶 1(AKT1)的對(duì)接結(jié)果;

(B) ATBC 與半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶 3(CASP3)的對(duì)接結(jié)果;

(C) ATBC 與熱休克蛋白 90α 家族 A 成員 1(HSP90AA1)的對(duì)接結(jié)果;

(D) ATBC 與雌激素受體 1(ESR1)的對(duì)接結(jié)果;

(E) ATBC 與基質(zhì)金屬蛋白酶 9(MMP9)的對(duì)接結(jié)果。


討論與結(jié)論 

1. 毒性機(jī)制推測(cè):ATBC 可能通過調(diào)控腦癌細(xì)胞凋亡與增殖、激活炎癥信號(hào)通路、調(diào)節(jié)神經(jīng)可塑性,影響腦癌發(fā)生發(fā)展、引發(fā)神經(jīng)炎癥,并 增加認(rèn)知障礙和神經(jīng)退行性疾病風(fēng)險(xiǎn)。

 2. 研究意義:為理解 ATBC 腦毒性分子機(jī)制提供理論基礎(chǔ),建立環(huán)境污染物毒性高效評(píng)估策略,為相關(guān)疾病預(yù)防治療提供依據(jù)。

 3. 局限性:現(xiàn)有動(dòng)物研究多為高劑量短期暴露,與人類低劑量長(zhǎng)期暴露場(chǎng)景差異大,需進(jìn)一步長(zhǎng)期流行病學(xué)和動(dòng)物實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。


研究意義及創(chuàng)新點(diǎn)

  1 :本研究如何篩選出ATBC 誘導(dǎo)腦毒性的核心靶點(diǎn)?涉及哪些數(shù)據(jù)庫(kù)和工具?

研究首先通過 ChEMBL 和 STITCH 數(shù)據(jù)庫(kù)篩選出 256 個(gè) ATBC 相關(guān)靶點(diǎn),通過 GeneCards 和 OMIM 數(shù)據(jù)庫(kù)篩選出 8841 個(gè)腦損傷高相關(guān)靶點(diǎn),經(jīng)整合去重得到 213 個(gè)潛在交集靶點(diǎn);隨后利用 STRING 數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建蛋白 - 蛋白相互作用(PPI)網(wǎng)絡(luò)(212 個(gè)節(jié)點(diǎn),569 條邊),并通過 Cytoscape 軟件分析節(jié)點(diǎn)拓?fù)鋵傩?,最終篩選出 23 個(gè)核心靶點(diǎn),篩選標(biāo)準(zhǔn)為介數(shù)中心性、緊密性中心性、平均最短路徑長(zhǎng)度均 > 中位數(shù),且度值 > 2 倍中位數(shù)。

 

2:ATBC 誘導(dǎo)腦毒性的核心靶點(diǎn)和關(guān)鍵通路有哪些?它們?nèi)绾螀⑴c腦損傷過程?

核心靶點(diǎn)包括 AKT1 、CASP3 、HSP90AA1 、ESR1 、MMP9 等(其中 AKT1 度值最高,為 101);關(guān)鍵通路主要為癌癥相關(guān)通路、神經(jīng)活性配體 - 受體相互作用通路、 鈣信號(hào)通路。這些核心靶點(diǎn)通過調(diào)控腦癌細(xì)胞凋亡與增殖(如 AKT1 調(diào)控細(xì)胞存活,CASP3 介導(dǎo)凋亡)、激活炎癥信號(hào)(如 HSP90AA1 促進(jìn)慢性炎癥)、破壞血腦屏  障與調(diào)節(jié)神經(jīng)可塑性(如 MMP9 參與免疫炎癥與血腦屏障破壞),最終導(dǎo)致腦癌風(fēng)險(xiǎn)增加、神經(jīng)炎癥及認(rèn)知功能下降。


3 :本研究采用的網(wǎng)絡(luò)毒理學(xué)與傳統(tǒng)毒理學(xué)方法相比,有何優(yōu)勢(shì)?

相比傳統(tǒng)毒理學(xué)方法,網(wǎng)絡(luò)毒理學(xué)優(yōu)勢(shì)在于:①系統(tǒng)性:整合多數(shù)據(jù)庫(kù)和組學(xué)數(shù)據(jù),從整體網(wǎng)絡(luò)層面分析污染物與靶點(diǎn)、通路的相互作用,避免傳統(tǒng)方法僅關(guān)注孤立靶 點(diǎn)的局限性;②高效性:通過生物信息學(xué)工具快速篩選靶點(diǎn)和通路,縮短對(duì)新興環(huán)境污染物毒性評(píng)估的周期,適應(yīng)大量未表征化學(xué)品的評(píng)估需求;③預(yù)測(cè)性:結(jié)合分子 對(duì)接等技術(shù)預(yù)測(cè)潛在相互作用,可針對(duì)低劑量長(zhǎng)期暴露場(chǎng)景(更貼近人類實(shí)際暴露)提供機(jī)制推測(cè),彌補(bǔ)動(dòng)物高劑量短期實(shí)驗(yàn)的不足。

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